Selçuklu Sultanı I. Alaaddin Keykubat öldürüldükten sonra yerine geçen II. Gıyasettin Keyhüsrev ve adamlarının halka baskı uygulaması zaten zor koşullar içinde yaşayan Türkmenlerin (Oğuz) ekonomik durumunu daha da ağırlaştırmıştır.
Bu nedenle, Kırşehir’den Amasya’ya sürgün edilen Baba İlyas, başhalifesi Baba İshak’ı Türkmenlerin yoğun olduğu bölgeye gönderdi ve Türkmenlerden Selçuklu yönetimine karşı gelmelerini istedi. Baba İshak’ın önderliğinde koyun ve mallarını satıp silâhlanan Türkmenler, sözleştikleri gün ve saatte yönetime isyan bayrağını çektiler.
3 Ağustos 1239’da çocukları, kadınları ve mallarıyla birlikte Maraş’ta yürüyüşe geçen Türkmenler, ilk önce Adıyaman’ı ele geçirdiler. Orta Anadolu’da sürgün edilen Halep Türkmenlerinin de katılımıyla sayıları elli bine ulaşan isyancılar, Sivas yolunu takip ederek Amasya’ya ulaştılar. Liderleri Baba İlyas’ı, Amasya subaşısı Armağanşah’ın Amasya Kalesinde astığını öğrenip, Baba İlyas’ın ölmediğine kanaat getiren Türkmenler, önlerine çıkan Selçuklu ordusunu bozup Armağanşah’ı öldürdüler ve başkent Konya’ya doğru harekete geçtiler.
Gelişmelerden korkup dış devletlerden yardım isteyen Gıyaseddin Keyhüsrev, Erzurum’daki ordusunu Sivas’taki cephaneliğinde silâhlandırdı ve Kayseri’ye yolladı. Para karşılığı savaşan Frank ve Gürcü askerlerin katılmasıyla sayıları altmış bine ulaşan Necmettin Behramşah komutasındaki Selçuklu düzenli ordusu, aralarında kadın ve çocukların da bulunduğu Türkmenlerle Kırşehir’in Malya ovasında karşılaştı.
Baba İlyas’ın ruhanî gücünden korkan Selçuklu ordusunun Müslüman askerleri, Türkmenlerle savaşmaya yanaşmadı. Bunun üzerine zırh giydirilen paralı Frank askerleri savaşa girdiler ve hemen başarı sağladılar. Topyekün saldırıya geçen Selçuklu ordusu, çember içine aldıkları Türkmenleri çoluk çocuk ayırmaksızın kılıçtan geçirdiler. Tarihçiler, bu savaşta bir tek kişinin dahi kılıç darbeleri altında can vermekten kurtulamadığını yazarlar. Galibiyet haberini alan Keyhüsrev eyaletlere fetihnameler yollayıp ülkede bayram ilân ettirmiş, parayla tuttuğu ve Türkmenleri kırıp geçirttiği Romalı ve Gürcü askerlere 300.000 florin altını ödül olarak dağıttıktan sonra, korkup kaçtığı başkent Konya’ya geri dönmüştür.
Malya ovasında yapılan Türkmen kırımı, yine bir Türkmen yurdu olan Kırşehir’de derin izler bırakmıştır. Adını tespit edemediğimiz fakat Kırşehir’li olduğu muhakkak olan bir ozan, bu kırımı bu türküyle dile getirmiştir.
